akorop, у меня, кстати, тоже не пропадает. Делаю так:

    <application class="Zim" name="zim">
      <skip_taskbar>yes</skip_taskbar>
      <skip_pager>yes</skip_pager>
      <strictSkipTaskbar>yes</strictSkipTaskbar>
    </application>

И когда zim минимизирован, он тоже появляется и в меню, которое по Alt-Tab, и которое на колесе мыши...
vasek, работает так

app-and-toggle-by-title.sh Zim zim

Первое Zim для нахождения окна по заголовку, или его части, второе zim для запуска программы, если она не запущена. Пользуясь случаем, хочу поблагодарить всех причастных за полезный скрипт! :)
Во-первых, Manjaro - не "тот же Арч", это дистрибутив, основанный на Арче, и у него могут быть и есть свои, независимые от Арча баги, так что вам совершенно правильно указали дорогу. Во-вторых, вы бы хоть написали что именно вы запускаете, какой программе требуется эта librtmp.so.0. В-третьих, в rtmpdump есть librtmp.so.1, может дело решается обычным симлинком? И в-четвертых, в слове "файл" должна быть буква "й", а в слове "пробовал" - нет буквы "ы" :)
Похоже на проблемы с железом. У меня было что-то такое похожее, когда память перегревалась, ноутбук был сильно-стльно запылен внутри. Я его разобрала и пропылесосила и все прошло :) Ну и вообще проверьте память, мемтест часов на пять.
Насколько я понимаю, в трее всплывающие подсказки выводит не панель, а сами приложения, значки которых висят в трее. И оформление этих тултипов зависит от приложения, темы qt или gtk, а не от панели.
Может быть, битый винт, и тормозит при записи в кэш на диске? Пробовали запускать с кэшем в tmpfs?
xneur (gxneur) — умеет в том числе и это (параметры — общие — типографика). Правда, периодически глючит :)
Глобально лежит в /usr/share/gtk-3.0/settings.ini, у меня выглядит так:

[Settings]
gtk-icon-theme-name = Adwaita
gtk-theme-name = Adwaita
gtk-font-name = Cantarell 11

Если вы создавали с нуля, наверное не хватает секции [Settings] в начале файла.
Я нашла, как вернуть предыдущее поведение, надо в файл ~/.config/gtk-3.0/settings.ini добавить

gtk-primary-button-warps-slider=false

Некоторые разработчики просто обожают необоснованно ломать привычные вещи...
Если кликать правой кнопкой мышки, то листает по старому, "постранично".