RTFM!!! У меня такое было. Долго гуглил - ничего ценного. Решение нашлось там, где искать всегда почему-то лень - в манах.

[b]XXkb.controls.focusout[/b]
          It makes the xxkb reset the keyboard group when the focus leaves the window. The mode makes sense with the add_when_change mode only.

Это значит, что стоит в конфиг добавить:
XXkb.controls.focusout: no
и все работает!