В итоге, без перезагрузки компа, решение следующее:
sudo systemctl disable pacman-init.service
sudo umount /etc/pacman.d/gnupg
sudo pacman-key --init
sudo pacman-key --populate archlinux
Непонятно, откуда он прицепился, до начала марта всё было ОК.
Тогда прибиваю сервис и всё ОК.
Вы можете посмотреть (у кого всё ОК) - такого сервиса нет в systemd?
Попытался докопаться до истины.
Таблицу ключей генерирует сервис systemd pacman-init.service при каждой загрузке, его unit-файл следующий:
/etc/systemd/system/pacman-init.service
[Unit]
Description=Initializes Pacman keyring
Wants=haveged.service
After=haveged.service
Requires=etc-pacman.d-gnupg.mount
After=etc-pacman.d-gnupg.mount
[Service]
Type=oneshot
RemainAfterExit=yes
ExecStart=/usr/bin/pacman-key --init
ExecStart=/usr/bin/pacman-key --populate archlinux
[Install]
WantedBy=multi-user.target

Вот лог запуска этого сервиса:

[15:16:10][email protected]:(~) journalctl -xn
-- Logs begin at Пн 2013-01-21 11:03:05 MSK, end at Вт 2013-03-12 15:16:10 MSK. --
мар 12 15:16:10 bridgelinux pacman-key[1736]: gpg: cannot open `/dev/tty': Нет такого устройства или адреса
мар 12 15:16:10 bridgelinux pacman-key[1736]: -> Locally signing key 27FFC4769E19F096D41D9265A04F9397CDFD6BB0...
мар 12 15:16:10 bridgelinux pacman-key[1736]: gpg: cannot open `/dev/tty': Нет такого устройства или адреса
мар 12 15:16:10 bridgelinux pacman-key[1736]: -> Locally signing key AB19265E5D7D20687D303246BA1DFB64FFF979E7...
мар 12 15:16:10 bridgelinux pacman-key[1736]: gpg: cannot open `/dev/tty': Нет такого устройства или адреса
мар 12 15:16:10 bridgelinux pacman-key[1736]: ==> Importing owner trust values...
мар 12 15:16:10 bridgelinux pacman-key[1736]: ==> Обновление таблицы доверия...
мар 12 15:16:10 bridgelinux pacman-key[1736]: gpg: нет необходимости в проверке таблицы доверий
мар 12 15:16:10 bridgelinux systemd[1]: Started Initializes Pacman keyring.
-- Subject: Unit pacman-init.service has finished start-up
-- Defined-By: systemd
-- Support: http://lists.freedesktop.org/mailman/listinfo/systemd-devel
-- Documentation: http://www.freedesktop.org/wiki/Software/systemd/catalog/39f53479d3a045ac8e11786248231fbf
--
-- Unit pacman-init.service has finished starting up.
--
-- The start-up result is done.
мар 12 15:16:10 bridgelinux sudo[1718]: pam_unix(sudo:session): session closed for user root

Очевидно, что с ошибками выполняется вторая команда в юните:
ExecStart=/usr/bin/pacman-key --populate archlinux

Можно тупо отключить это сервис и всё заработает:
sudo systemctl disable pacman-init.service

Либо же понять, что за ошибки в логе сыпятся
Косяк не только у нас
https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?pid=1242341
Да вряд ли дело в провайдере, пробовал несколько (проводных).
Это началось точно после недавнего обновления pacman (с 3 марта).
no-greeting
no-permission-warning
lock-never
keyserver hkp://pool.sks-keyservers.net
keyserver-options timeout=10

-rw-r--r-- 1 root root    114 мар  7 21:26 gpg.conf
-rw-r--r-- 1 root root 364748 мар  7 21:28 pubring.gpg
-rw-r--r-- 1 root root 364748 мар  7 21:28 pubring.gpg~
-rw------- 1 root root    600 мар  7 21:27 random_seed
-rw------- 1 root root   1289 мар  7 21:27 secring.gpg
-rw-r--r-- 1 root root   8560 мар  7 21:28 trustdb.gpg
У меня ситуация такая же, как у teplovoz.
После перезагрузки сервер в конфиге перезаписывается на
keyserver hkp://pool.sks-keyservers.net
Заметил, что файл /etc/pacman.d/gnupg/trustdb.gpg после перезагрузки компа очищается (то есть после операции pacman-key --populate archlinux размер файла становится, к примеру 8600, а после перезагрузки - размер снова становится 1480).
Что интересно - на втором компе и на ноуте с такими же конфигами - всё работает как надо.
Однако с очередным обновлением опять этот же косяк вылез....
В конфиге pacman.conf в настройках репозиториев extra, community и multilib заменил SigLevel = PackageOptional на SigLevel = PackageRequired и все стало нормально.
Очевидно, при недавнем обновлении пакмана изменился конфиг, т.к. до этого везде у меня было SigLevel = PackageRequired, если память не изменяет.