Привет, возможно поздно, но у меня это решилось переименованием файла quartus/linux/libX11.so.6 во что-то типа libX11.so.6_orig.
После этого квартус использует общесистемную библиотеку.
Решение отсюда
http://www.linuxquestions.org/questions/slackware-14/%5Bsolved%5D-installing-quartus-ii-web-edition-v9-1-a-4175436463/