Судя по всему происходит как-то так:
Х-ы опрашивают монитор по DVI и выставляют наилучшее разрешение, которое предложил монитор.
В случае консоли - некому опрашивать монитор и выставляется разрешение по умолчанию 800х600.
В инете советуют настроить xorg.conf на разрешение по умолчанию, которое вам нужно.