Может быть но каждый префикс для той или иной игры это по сути половина винды, одни фрэиймврки чего стоят, только на кой они играм нужны, но без 3.5 и 4 версий многие игры запускаться не хотят лишние гб под них расходовать для меня не разумно.
Я почему то play on linux не юзаю если вайн костыль то это еще и грабли, хотя мнение я навязывать не буду - не в моих правилах.
Тут инфа по заполнению http://forum.rosalab.ru/viewtopic.php?f=42&t=3444 чтоб мышка не крутилась закидываем в вайновский system32 input.dll и input8.dll от винды и winecfg заменяем input и iput8 на встроенные например скачать можно отсюда http://ru.dllworld.org/dinput-dll/ и http://ru.dllworld.org/dinput8-dll/
Вот человек рекомендует игры запускать в отдельном сервере и разрешение не слетает после выхода, если оно отличается в приложении от разрешения рабочего стола http://ubuntu-wine.ru/publ/zapusk_wine_prilozhenij_v_otdelnom_x_servere/1-1-0-6
Кстати а как вы используете вайн (игры,приложения) и его версия и как его заполняли?
Может что тут есть https://wiki.archlinux.org/index.php/VDPAU_(Русский)#.D0.9F.D1.80.D0.BE.D0.B2.D0.B5.D1.80.D0.BA.D0.B0
По логу ксорга же есть подсказка можно тупо в текстовом редакторе в поиск вбить (WW) warning, (EE) error, (NI) not implemented, (??) unknown.

естественно из этого что то одно
вернее даже не кэш, а само обновление пакетов
Может скажу глупость за не имением твердотела, но разве кэш от пакмана не убивает его постоянной перезаписью?
Так а думаете проблема в иксах, может просто жесткий диск загружен? В этом случае надо смотреть в сторону swap.