Я правильно понимаю, что при полном зависании система ни на что не реагирует, включая комбинации SysRq?

[email protected] ~ % cat /sys/devices/system/cpu/cpuidle/current_driver                                                                                   :(
intel_idle

130 [email protected] ~ % dmesg | egrep 'clocksource|unstable'                                                                                               :(
[    0.000000] clocksource: refined-jiffies: mask: 0xffffffff max_cycles: 0xffffffff, max_idle_ns: 19112604462750000 ns
[    0.000000] clocksource: hpet: mask: 0xffffffff max_cycles: 0xffffffff, max_idle_ns: 133484882848 ns
[    0.126518] clocksource: jiffies: mask: 0xffffffff max_cycles: 0xffffffff, max_idle_ns: 19112604462750000 ns
[    0.202264] clocksource: Switched to clocksource hpet
[    0.212593] clocksource: acpi_pm: mask: 0xffffff max_cycles: 0xffffff, max_idle_ns: 2085701024 ns
[    1.360028] tsc: Refined TSC clocksource calibration: 3599.996 MHz
[    1.360033] clocksource: tsc: mask: 0xffffffffffffffff max_cycles: 0x33e44fb235b, max_idle_ns: 440795341910 ns
[    2.390038] clocksource: Switched to clocksource tsc

cassno, извиняйте если вопрос уже задавали, но - загрузиться с LiveCD с другими версиями ядра не пробовали? Проблема повторяется?
Ну и поддерживаю ранее заданный вопрос по поводу железа - огласите весь список пжста (с).

[email protected] ~ % lspci
00:00.0 Host bridge: Intel Corporation 4th Gen Core Processor DRAM Controller (rev 06)
00:01.0 PCI bridge: Intel Corporation Xeon E3-1200 v3/4th Gen Core Processor PCI Express x16 Controller (rev 06)
00:14.0 USB controller: Intel Corporation 8 Series/C220 Series Chipset Family USB xHCI (rev 05)
00:16.0 Communication controller: Intel Corporation 8 Series/C220 Series Chipset Family MEI Controller #1 (rev 04)
00:1a.0 USB controller: Intel Corporation 8 Series/C220 Series Chipset Family USB EHCI #2 (rev 05)
00:1b.0 Audio device: Intel Corporation 8 Series/C220 Series Chipset High Definition Audio Controller (rev 05)
00:1c.0 PCI bridge: Intel Corporation 8 Series/C220 Series Chipset Family PCI Express Root Port #1 (rev d5)
00:1c.2 PCI bridge: Intel Corporation 8 Series/C220 Series Chipset Family PCI Express Root Port #3 (rev d5)
00:1c.3 PCI bridge: Intel Corporation 82801 PCI Bridge (rev d5)
00:1d.0 USB controller: Intel Corporation 8 Series/C220 Series Chipset Family USB EHCI #1 (rev 05)
00:1f.0 ISA bridge: Intel Corporation B85 Express LPC Controller (rev 05)
00:1f.2 SATA controller: Intel Corporation 8 Series/C220 Series Chipset Family 6-port SATA Controller 1 [AHCI mode] (rev 05)
00:1f.3 SMBus: Intel Corporation 8 Series/C220 Series Chipset Family SMBus Controller (rev 05)
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF116 [GeForce GTX 550 Ti] (rev a1)
01:00.1 Audio device: NVIDIA Corporation GF116 High Definition Audio Controller (rev a1)
03:00.0 Ethernet controller: Realtek Semiconductor Co., Ltd. RTL8111/8168/8411 PCI Express Gigabit Ethernet Controller (rev 09)
04:00.0 PCI bridge: ASMedia Technology Inc. ASM1083/1085 PCIe to PCI Bridge (rev 04)

Далее проверь выполнение reboot - правой рукой зажми клавиши правый Alt + SysRq, а левой с интервалом в 1-2 секунды нажми последовательно:
R E I S U B.

сен 27 19:57:00 home-pc kernel: sysrq: SysRq : HELP : loglevel(0-9) reboot(b) crash(c) terminate-all-tasks(e) memory-full-oom-kill(f) kill-all-tasks(i) thaw-filesystems(j) sak(k) show-backtrace-all-active-cpus(l) show-memory-usage(m) nice-all-RT-tasks(n) poweroff(o) show-registers(p) show-all-timers(q) unraw(r) sync(s) show-task-states(t) unmount(u) force-fb(V) show-blocked-tasks(w) dump-ftrace-buffer(z)

Подозреваю, что ТС просто не то нажимает и не прописано kernel.sysrq=1, а потому и пытался разжевать все подробно. По видимому и зря разжевываю.

Если виснут отдельные приложения, вероятно что у них что то общее. 

vasek
tsc_deadline поддерживают все новые процессоры. Просто подумал, как одна из причин, что твой проц не поддерживает tsc_deadline, а потому и ругается.
Уж если так думается, что причина в этом таймере (точнее расширении к таймеру), то можно поискать как его отключить, помнится были такие параметры ядра. Посмотри. Но, имхо, вряд ли причина в этом. В логе и говорится, что есть проблемы и tsc_deadline отключен, то же самое ты достигнешь параметром загрузки, но просто не будет этого сообщения.
Лучше займись анализом и зря переустанавливал систему.
Попробуй для начала другие ядра, например, linux-lts. Попробуй другие системы Linux, LiveCD.
Далее выясняй на каких приложениях виснет, если только на конкретных, то уже проще. Смотри далее, что творится с системой в момент зависания (нагрузка cpu, памяти, температуры и др.). Можно запустить strace для получения дополнительной информации. И так далее.
Да и увеличь логирование системы, может что будет в логах.
UPD - вижу так и не опробовал комбинации SysRq - это единственная клавиша, связанная с ядром и если ядро не паникует, то с помощью соответствующих комбинаций клавиш можно выполнить перегрузку/выключение, посмотреть состояние памяти и др., а иногда даже разблокировать клавиатуру и перейти в другую консоль.

[email protected] ~ % grep -o tsc_deadline /proc/cpuinfo
tsc_deadline
tsc_deadline
tsc_deadline
tsc_deadline