nivs
cfdisk я тоже использую, но разве он умеет неинтерактив? Чтобы скриптом сам разметил.
А если диски одинаковые не проще просто dd с диска на диск? Если же не тот случай, то наверное должны помочь fdisk+expect или parted (имеет командный и интерактивный режим). С ними у меня опыт минимальный, думаю погуглив разберешься сам. Я бы начал с parted.
Я делал так. Допустим новый диск /dev/sda и неважно чистый он или нет.
# cfdisk /dev/sda
Там удалял все разделы и создавал один единственный под корень (можно и свап если надо). Можно заюзать fdisk, многим именно он нравится.
Затем накатывал файловую систему, монтировал ее например в /mnt и распаковывал туда систему
# mkfs.ext4 /dev/sda
# mount /dev/sda1 /mnt
# cd /mnt
# tar xzf /path/system.tgz 
Ну и напоследок проверить fstab и заинсталить граб:
# arch-chroot /mnt
# grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg
# grub-install /dev/sda

После этого системы уже загружалась. Честно говоря не помню чтобы я пересобирал инитрамфс, может просто забыл.
У меня граб таких ошибок никогда не выкидывал, поэтому даже не знаю что подсказать, но попробуй без этих хитрых манипуляций которые ты описал выше.
С автоматизацией этого процесса, я думаю, также проблем быть не должно.
Тоже несколько раз копировал свою систему на другие буки упаковывая таром, считаю этот вариант быстрым и удобным, после копирования останется только проверить fstab, сгенерить новый grub.cfg и обновить MBR.
Вот и дождались. Пока полет нормальный.
Все пофиксено в ядре 3.10.6-2. Решено.
linux 3.10.6-2 в core. С патчем, решающим проблемы USB.
Подтверждаю, мышь прекрасно заработала! С имеющимися двумя флешками так же проблем не обнаружил.
Мышь Logitech M510 по прежнему НЕ работает на ядре 3.10.5-1. Снова откатился на 3.9.9.
Проблема с calibri обсуждалась здесь. Говорят что в оффициальном билде все работает нормально, проблема только в арче. Баг тоже уже зареган. Если нужно для работы, временно откатись (на 4.0.3 проблем быть не должно), я офисом пользуюсь редко, поэтому жду обновления.
С флешками проблем не наблюдал, а вот мышкой проблема. Кто как и я юзает bumblebee надо еще откатывать nvidia и bbswitch.
Я пробовал и софт удалять - не влияет. Смотрю в репах уже ядро 3.10.3, пробовал на него обновится и опять мышь вырубилась. Откатился на 3.9.9 и все работает. Похоже придется ждать 3.11.