arcanis Сообщения

arcanis	# 9 лет, 11 месяцев назад (отредактировано 9 лет, 11 месяцев назад)
Темы: 31 Сообщения: 1496 Участник с: 09 сентября 2012	англ.вики там все нормально описано) в т.ч. есть ссылки на то, как править и новые конфиги по русски: Новый rc.conf PGP 0x31361F01 arcanisrepo

arcanis	# 9 лет, 11 месяцев назад
Темы: 31 Сообщения: 1496 Участник с: 09 сентября 2012	Honaht Какие пакеты обновились? [2012-09-28 18:56] Running 'pacman -Syu' [2012-09-28 18:56] synchronizing package lists [2012-09-28 18:56] starting full system upgrade [2012-09-28 18:57] upgraded libtasn1 (2.13-1 -> 2.14-1) [2012-09-28 18:57] upgraded gnutls (3.1.1-1 -> 3.1.2-1) [2012-09-28 18:57] upgraded gtk-update-icon-cache (2.24.12-1 -> 2.24.13-1) [2012-09-28 18:57] upgraded gtk2 (2.24.12-1 -> 2.24.13-1) [2012-09-28 18:57] upgraded hwids (20120906-1 -> 20120922-1) [2012-09-28 18:57] upgraded imagemagick (6.7.9.4-1 -> 6.7.9.8-1) [2012-09-28 18:57] upgraded ladspa (1.13-3 -> 1.13-4) [2012-09-28 18:57] upgraded lib32-gtk2 (2.24.12-1 -> 2.24.13-1) [2012-09-28 18:58] upgraded qt (4.8.3-3 -> 4.8.3-4) [2012-09-28 18:58] upgraded lib32-qt (4.8.2-2 -> 4.8.3-1) [2012-09-28 18:58] upgraded lib32-util-linux (2.21.2-1 -> 2.22-1) [2012-09-28 18:58] upgraded libarchive (3.0.4-1 -> 3.0.4-2) [2012-09-28 18:58] upgraded libsigc++ (2.2.10-2 -> 2.2.11-1) [2012-09-28 18:58] upgraded mkinitcpio-busybox (1.20.1-1 -> 1.20.2-1) [2012-09-28 18:58] upgraded postgresql-libs (9.1.4-1 -> 9.2.1-1) [2012-09-28 18:58] upgraded python2-scipy (0.10.1-1 -> 0.11.0-1) [2012-09-28 18:58] upgraded systemd (189-4 -> 192-1) [2012-09-28 18:58] upgraded xkeyboard-config (2.6-1 -> 2.7-1) [2012-09-28 18:59] Running 'pacman -U /tmp/yaourt-tmp-root/PKGDEST.vjq/grub2-theme-archxion-1.0-1-any.pkg.tar.xz' [2012-09-28 18:59] installed grub2-theme-archxion (1.0-1) [2012-09-29 02:09] Running 'pacman -Syu' [2012-09-29 02:09] synchronizing package lists [2012-09-29 02:09] starting full system upgrade [2012-09-29 02:09] upgraded calibre (0.8.70-1 -> 0.9.0-1) [2012-09-29 02:09] upgraded xf86-video-mga (1.6.1-1 -> 1.6.2-1) [2012-09-29 02:09] upgraded xf86-video-r128 (6.8.4-1 -> 6.9.1-1) lumberjack слышал мельком про подобное… правда с дровами на видео intel и новым сервером xorg… там проблема решалась откатом на предыдущую версию дров видел подобные топики. Только там во всех случаях стояли видеокарты интела или нвидеа, а у меня - ATI Radeon. ADD1 vdemin Согласно мануалу надо писать HandleLidSwitch=ignore ну я писал так, потому что в самом файле есть строчки типа: HibernateKeyIgnoreInhibited=no отсюда я решил, что опция “no” для всех является рабочей. Исправил, как Вы предложили - заработало, как в консоли, так и в кедах. Остается вопрос, что же это было, но спасибо за решение =) PGP 0x31361F01 arcanisrepo

arcanis

# 9 лет, 11 месяцев назад

Темы: 31

Сообщения: 1496

Участник с: 09 сентября 2012

Honaht
Какие пакеты обновились?

[2012-09-28 18:56] Running 'pacman -Syu'
[2012-09-28 18:56] synchronizing package lists
[2012-09-28 18:56] starting full system upgrade
[2012-09-28 18:57] upgraded libtasn1 (2.13-1 -> 2.14-1)
[2012-09-28 18:57] upgraded gnutls (3.1.1-1 -> 3.1.2-1)
[2012-09-28 18:57] upgraded gtk-update-icon-cache (2.24.12-1 -> 2.24.13-1)
[2012-09-28 18:57] upgraded gtk2 (2.24.12-1 -> 2.24.13-1)
[2012-09-28 18:57] upgraded hwids (20120906-1 -> 20120922-1)
[2012-09-28 18:57] upgraded imagemagick (6.7.9.4-1 -> 6.7.9.8-1)
[2012-09-28 18:57] upgraded ladspa (1.13-3 -> 1.13-4)
[2012-09-28 18:57] upgraded lib32-gtk2 (2.24.12-1 -> 2.24.13-1)
[2012-09-28 18:58] upgraded qt (4.8.3-3 -> 4.8.3-4)
[2012-09-28 18:58] upgraded lib32-qt (4.8.2-2 -> 4.8.3-1)
[2012-09-28 18:58] upgraded lib32-util-linux (2.21.2-1 -> 2.22-1)
[2012-09-28 18:58] upgraded libarchive (3.0.4-1 -> 3.0.4-2)
[2012-09-28 18:58] upgraded libsigc++ (2.2.10-2 -> 2.2.11-1)
[2012-09-28 18:58] upgraded mkinitcpio-busybox (1.20.1-1 -> 1.20.2-1)
[2012-09-28 18:58] upgraded postgresql-libs (9.1.4-1 -> 9.2.1-1)
[2012-09-28 18:58] upgraded python2-scipy (0.10.1-1 -> 0.11.0-1)
[2012-09-28 18:58] upgraded systemd (189-4 -> 192-1)
[2012-09-28 18:58] upgraded xkeyboard-config (2.6-1 -> 2.7-1)
[2012-09-28 18:59] Running 'pacman -U /tmp/yaourt-tmp-root/PKGDEST.vjq/grub2-theme-archxion-1.0-1-any.pkg.tar.xz'
[2012-09-28 18:59] installed grub2-theme-archxion (1.0-1)
[2012-09-29 02:09] Running 'pacman -Syu'
[2012-09-29 02:09] synchronizing package lists
[2012-09-29 02:09] starting full system upgrade
[2012-09-29 02:09] upgraded calibre (0.8.70-1 -> 0.9.0-1)
[2012-09-29 02:09] upgraded xf86-video-mga (1.6.1-1 -> 1.6.2-1)
[2012-09-29 02:09] upgraded xf86-video-r128 (6.8.4-1 -> 6.9.1-1)

lumberjack
слышал мельком про подобное… правда с дровами на видео intel и новым сервером xorg… там проблема решалась откатом на предыдущую версию дров

видел подобные топики. Только там во всех случаях стояли видеокарты интела или нвидеа, а у меня - ATI Radeon.

ADD1

vdemin
Согласно мануалу надо писать
HandleLidSwitch=ignore

ну я писал так, потому что в самом файле есть строчки типа:

HibernateKeyIgnoreInhibited=no

отсюда я решил, что опция “no” для всех является рабочей. Исправил, как Вы предложили - заработало, как в консоли, так и в кедах. Остается вопрос, что же это было, но спасибо за решение =)

PGP 0x31361F01
arcanisrepo

arcanis	# 9 лет, 11 месяцев назад (отредактировано 9 лет, 11 месяцев назад)
Темы: 31 Сообщения: 1496 Участник с: 09 сентября 2012	Доброго времени суток. Значится так. Арч у меня стоит на ноутбуке, рабочий стол кде. До вчерашнего дня все было нормально, но тут что то я решил обновить систему. Обновил, закрываю крышку ноутбука - ноут ушел в ждущий режим. Не понял. Открываем конфиг кде, смотрим управление питанием - действие при закрытие крышки: выключить монитор. Меняем на “ничего не делать”. Ничего не изменилось. Меняем обратно - все тоже самое. Ладно, ребутаемся. Логинимся в консоли (до загрузки кде) под рутом, закрываем крышку - комп уходит в ждущий режим. Как решается эта проблема? ADD1 acpi/acpid не стоят. Пробовал в /etc/systemd/logind.conf раскомментить строку: HandleLidSwitch=no не помогло. Батарея вытащена в принципе. PGP 0x31361F01 arcanisrepo

arcanis

# 9 лет, 11 месяцев назад (отредактировано 9 лет, 11 месяцев назад)

Темы: 31

Сообщения: 1496

Участник с: 09 сентября 2012

Доброго времени суток.

Значится так. Арч у меня стоит на ноутбуке, рабочий стол кде.

До вчерашнего дня все было нормально, но тут что то я решил обновить систему. Обновил, закрываю крышку ноутбука - ноут ушел в ждущий режим. Не понял.

Открываем конфиг кде, смотрим управление питанием - действие при закрытие крышки: выключить монитор. Меняем на “ничего не делать”. Ничего не изменилось. Меняем обратно - все тоже самое.

Ладно, ребутаемся. Логинимся в консоли (до загрузки кде) под рутом, закрываем крышку - комп уходит в ждущий режим.

Как решается эта проблема?

ADD1
acpi/acpid не стоят. Пробовал в /etc/systemd/logind.conf раскомментить строку:

HandleLidSwitch=no

не помогло. Батарея вытащена в принципе.

PGP 0x31361F01
arcanisrepo

arcanis	# 9 лет, 11 месяцев назад
Темы: 31 Сообщения: 1496 Участник с: 09 сентября 2012	А, да, если прописывать при установке mpqc к ./configure только –disable-parallel, как это написано в гайде по инсталляции (см. первый пост), то при выполнении make в libghemical выскакивала ошибка с recompile with fPIC на одну из библиотек в scientific computing (sc), которая устанавливалась с mpqc. ADD1 что то ночью что то ни то написал. Ошибка с fPIC была, но уже не помню, где она вылазила. Шляпа вылазит при выполнении: ./configure --enable-mopac7 --enable-mpqc вот такая штука (в конце, в начале все норм): checking for sc-config... /usr/local/mpqc/2.3.1/bin/sc-config checking SC - version... no * Could not run SC test program, checking why... * The test program compiled, but did not run. This usually means * that the run-time linker is not finding SC or finding the wrong * version of SC. If it is not finding SC, you'll need to set your * LD_LIBRARY_PATH environment variable, or edit /etc/ld.so.conf to point * to the installed location Also, make sure you have run ldconfig if that * is required on your system * * If you have an old version installed, it is best to remove it, although * you may also be able to get things to work by modifying LD_LIBRARY_PATH * * If you have a RedHat 5.0 system, you should remove the SC package that * came with the system with the command * * rpm --erase --nodeps sc sc-devel изначально ругалась на то, что не могло найти SC_CONFIG (хотя он в наличии есть), прописал правильный путь (см. 2й пост). После - выдает такую штуку. ADD2 Пробовал компилить без опции –disable-parallel. Все аналогично описанному выше. Также, пробовал редактировать PKGBUILD для mpqc следующим образом: # Maintainer: Archlid <a_becker {at} live {dot} de> pkgname=mpqc pkgver=2.3.1 pkgrel=1 pkgdesc="The Massively Parallel Quantum Chemistry Program computes properties of atoms and molecules using the time independent S$ arch=('i686' 'x86_64') url="http://www.mpqc.org/" license=('GPL' 'LGPL') depends=('lapack' 'gcc-fortran' 'gcc-libs' 'tk' 'perl') source=(http://sourceforge.net/projects/mpqc/files/mpqc/$pkgver/$pkgname-$pkgver.tar.bz2) md5sums=('2f9b4f7487387730d78066a53764f848') build() { mkdir /home/arcanis/mpqctarget cd /home/arcanis/mpqctarget "$srcdir/$pkgname-$pkgver"/configure --prefix=/usr --disable-parallel --enable-shared make } package() { cd /home/arcanis/mpqctarget make installroot="$pkgdir/" install make installroot="$pkgdir/" install_devel } т.е., как будто бы, по соответствующему мануалу. Также пробовал те же самые вариации с опциями configure. Результат тот же самый. Да и вообще, если честно, плохо понимаю, зачем эти танцы с бубнами с mpqctarget, если от включения и выключения опции parallel ничего не меняется. ADD3** Кстати, при ручной установке, при запуске ghemical через kdesu интеграция присутствует, но расчет с mpqc не ведется. Запуск от рута/судо (да и зачем, казалось бы?) дает ругань с определением монитора, править не стал. PGP 0x31361F01 arcanisrepo

arcanis

# 9 лет, 11 месяцев назад

Темы: 31

Сообщения: 1496

Участник с: 09 сентября 2012

А, да, если прописывать при установке mpqc к ./configure только –disable-parallel, как это написано в гайде по инсталляции (см. первый пост), то при выполнении make в libghemical выскакивала ошибка с recompile with fPIC на одну из библиотек в scientific computing (sc), которая устанавливалась с mpqc.

ADD1
что то ночью что то ни то написал. Ошибка с fPIC была, но уже не помню, где она вылазила. Шляпа вылазит при выполнении:

./configure --enable-mopac7 --enable-mpqc

вот такая штука (в конце, в начале все норм):

checking for sc-config... /usr/local/mpqc/2.3.1/bin/sc-config
checking SC - version... no
*** Could not run SC test program, checking why...
*** The test program compiled, but did not run. This usually means
*** that the run-time linker is not finding SC or finding the wrong
*** version of SC. If it is not finding SC, you'll need to set your
*** LD_LIBRARY_PATH environment variable, or edit /etc/ld.so.conf to point
*** to the installed location  Also, make sure you have run ldconfig if that
*** is required on your system
***
*** If you have an old version installed, it is best to remove it, although
*** you may also be able to get things to work by modifying LD_LIBRARY_PATH
***
*** If you have a RedHat 5.0 system, you should remove the SC package that
*** came with the system with the command
***
***    rpm --erase --nodeps sc sc-devel

изначально ругалась на то, что не могло найти SC_CONFIG (хотя он в наличии есть), прописал правильный путь (см. 2й пост). После - выдает такую штуку.

ADD2
Пробовал компилить без опции –disable-parallel. Все аналогично описанному выше. Также, пробовал редактировать PKGBUILD для mpqc следующим образом:

# Maintainer: Archlid <a_becker {at} live {dot} de>
pkgname=mpqc
pkgver=2.3.1
pkgrel=1
pkgdesc="The Massively Parallel Quantum Chemistry Program computes properties of atoms and molecules using the time independent S$
arch=('i686' 'x86_64')
url="http://www.mpqc.org/"
license=('GPL' 'LGPL')
depends=('lapack' 'gcc-fortran' 'gcc-libs' 'tk' 'perl')
source=(http://sourceforge.net/projects/mpqc/files/mpqc/$pkgver/$pkgname-$pkgver.tar.bz2)
md5sums=('2f9b4f7487387730d78066a53764f848')
build() {
  mkdir /home/arcanis/mpqctarget
  cd /home/arcanis/mpqctarget
  "$srcdir/$pkgname-$pkgver"/configure --prefix=/usr --disable-parallel --enable-shared
  make
}
 
package() {
  cd /home/arcanis/mpqctarget
  make installroot="$pkgdir/" install
  make installroot="$pkgdir/" install_devel
}

т.е., как будто бы, по соответствующему мануалу. Также пробовал те же самые вариации с опциями configure. Результат тот же самый. Да и вообще, если честно, плохо понимаю, зачем эти танцы с бубнами с mpqctarget, если от включения и выключения опции parallel ничего не меняется.

ADD3
Кстати, при ручной установке, при запуске ghemical через kdesu интеграция присутствует, но расчет с mpqc не ведется. Запуск от рута/судо (да и зачем, казалось бы?) дает ругань с определением монитора, править не стал.

PGP 0x31361F01
arcanisrepo

arcanis	# 9 лет, 11 месяцев назад (отредактировано 9 лет, 11 месяцев назад)
Темы: 31 Сообщения: 1496 Участник с: 09 сентября 2012	проблема интеграции была устранена следующим образом: 1. Установка mpqc с AUR'a, в PKGBUILD правится # Maintainer: Archlid <a_becker {at} live {dot} de> pkgname=mpqc pkgver=2.3.1 pkgrel=1 pkgdesc="The Massively Parallel Quantum Chemistry Program computes properties of atoms and molecules using the time independent S$ arch=('i686' 'x86_64') url="http://www.mpqc.org/" license=('GPL' 'LGPL') depends=('lapack' 'gcc-fortran' 'gcc-libs' 'tk' 'perl') source=(http://sourceforge.net/projects/mpqc/files/mpqc/$pkgver/$pkgname-$pkgver.tar.bz2) md5sums=('2f9b4f7487387730d78066a53764f848') build() { cd "$srcdir/$pkgname-$pkgver" ./configure --prefix=/usr --disable-parallel --enable-shared make } package() { cd "$srcdir/$pkgname-$pkgver" make installroot="$pkgdir/" install make installroot="$pkgdir/" install_devel } 2. Установка liboglappth. Можно через пакмана. 3. Установка mopac. Вручную, на AUR пакет устарел, ругалось дальше. ./autogen.sh export F77='g77 -fno-automatic' export F77='gfortran -std=legacy -fno-automatic' ./configure make make install 4. Установка libghemical вручную: ./autogen.sh ./configure --enable-mpqc --enable-mopac7 make make install правда, он еще пару раз ругнулся, пришлось сделать такую штуку: export SC_CONFIG=/usr/local/mpqc/2.3.1/bin/sc-config и export PKG_CONFIG=pkg-config export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig 5. Установка ghemical. Тут я уже решил не напрягаться и поставил через пакмана. Итог - интеграция в ghemical есть. Однако, при попытке расчета с помощью любого пакета mopac вылазит ошибка: PrintToLog : Изменены настройки для расчётов(настройки = allqm, движок =eng1_qm_mopac : MOPAC7 / MNDO). 2 = 2 - 0 записывается входной файл MOPACFOR005 ghemical: symbol lookup error: /usr/lib/libmopac7.so.0: undefined symbol: s_copy программа закрывается При использовании пакета mpqc еще веселее: PrintToLog : Изменены настройки для расчётов(настройки = allqm, движок =eng1_qm_mpqc : MPQC / 3-21G). DEBUG : now returning from gtk_project::GeomOptGetParam(). 2 = 2 - 0 записывается входной файл MPQC/tmp/mpqc0000.in используя ProcMessageGrp как MessageGroup... используя PthreadThreadGrp как ThreadGroup... Reading file /usr/share/mpqc/2.3.1/atominfo.kv. terminate called after throwing an instance of 'sc::InputError' what(): Аварийный останов программа тоже закрывается. Было предположение, что программе не хватает доступа, попробовал запустить через kdesu, интеграция отсутствует в принципе. Может кто нибудь подскажет, что я сейчас делаю не так?) ADD1 При установке ghemical вручную без каких либо доп.параметров интеграция сохранилась и появилась возможность расчета с mopac'ом (ошибок в смысле не выдает). mpqc также не работает. ADD2 Попробовал запустить файл /tmp/mpqc0000.in таким образом: mpqc /tmp/mpqc0000.in все посчиталось, т.е. ошибки в формате файла нету. PGP 0x31361F01 arcanisrepo

arcanis

# 9 лет, 11 месяцев назад (отредактировано 9 лет, 11 месяцев назад)

Темы: 31

Сообщения: 1496

Участник с: 09 сентября 2012

проблема интеграции была устранена следующим образом:

1. Установка mpqc с AUR'a, в PKGBUILD правится

 # Maintainer: Archlid <a_becker {at} live {dot} de>
pkgname=mpqc
pkgver=2.3.1
pkgrel=1
pkgdesc="The Massively Parallel Quantum Chemistry Program computes properties of atoms and molecules using the time independent S$
arch=('i686' 'x86_64')
url="http://www.mpqc.org/"
license=('GPL' 'LGPL')
depends=('lapack' 'gcc-fortran' 'gcc-libs' 'tk' 'perl')
source=(http://sourceforge.net/projects/mpqc/files/mpqc/$pkgver/$pkgname-$pkgver.tar.bz2)
md5sums=('2f9b4f7487387730d78066a53764f848')
build() {
  cd "$srcdir/$pkgname-$pkgver"
  ./configure --prefix=/usr --disable-parallel --enable-shared
  make
}
 
package() {
  cd "$srcdir/$pkgname-$pkgver"
  make installroot="$pkgdir/" install
  make installroot="$pkgdir/" install_devel
}

2. Установка liboglappth. Можно через пакмана.

3. Установка mopac. Вручную, на AUR пакет устарел, ругалось дальше.

./autogen.sh
export F77='g77 -fno-automatic'
export F77='gfortran -std=legacy -fno-automatic'
./configure
make
make install

4. Установка libghemical вручную:

./autogen.sh
./configure --enable-mpqc --enable-mopac7
make
make install

правда, он еще пару раз ругнулся, пришлось сделать такую штуку:

export SC_CONFIG=/usr/local/mpqc/2.3.1/bin/sc-config

export PKG_CONFIG=pkg-config
export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig

5. Установка ghemical. Тут я уже решил не напрягаться и поставил через пакмана.

Итог - интеграция в ghemical есть. Однако, при попытке расчета с помощью любого пакета mopac вылазит ошибка:

PrintToLog : Изменены настройки для расчётов(настройки = allqm, движок =eng1_qm_mopac : MOPAC7 / MNDO).
2 = 2 - 0
записывается входной файл MOPACFOR005
ghemical: symbol lookup error: /usr/lib/libmopac7.so.0: undefined symbol: s_copy

программа закрывается
При использовании пакета mpqc еще веселее:

PrintToLog : Изменены настройки для расчётов(настройки = allqm, движок =eng1_qm_mpqc : MPQC / 3-21G).
DEBUG : now returning from gtk_project::GeomOptGetParam().
2 = 2 - 0
записывается входной файл MPQC/tmp/mpqc0000.in
используя ProcMessageGrp как MessageGroup...
используя PthreadThreadGrp как ThreadGroup...
  Reading file /usr/share/mpqc/2.3.1/atominfo.kv.
terminate called after throwing an instance of 'sc::InputError'
  what():  
Аварийный останов

программа тоже закрывается.

Было предположение, что программе не хватает доступа, попробовал запустить через kdesu, интеграция отсутствует в принципе. Может кто нибудь подскажет, что я сейчас делаю не так?)

ADD1
При установке ghemical вручную без каких либо доп.параметров интеграция сохранилась и появилась возможность расчета с mopac'ом (ошибок в смысле не выдает). mpqc также не работает.

ADD2
Попробовал запустить файл /tmp/mpqc0000.in таким образом:

mpqc /tmp/mpqc0000.in

все посчиталось, т.е. ошибки в формате файла нету.

PGP 0x31361F01
arcanisrepo

arcanis	# 9 лет, 11 месяцев назад
Темы: 31 Сообщения: 1496 Участник с: 09 сентября 2012	День добрый, Пробовал установить ghemical со всеми дополнениями в таком порядке: mopac7 mpqc liboglappth libghemical ghemical сначала через pacman и yaourt (для mpqc и mopac). Все устанавливается и работает, в принципе, но отсутствует интеграция mopac и mpqc в ghemical. Потом снес все, попробовал поставить вручную (через make-make install), приложения (кроме mpqc) скачивал с оффсайта ( http://bioinformatics.org/ghemical/download/current/ ). В мануале по инсталляции libghemical нашел такую запись: This is the recommended way how to compile/install MPQC if you wish to use it with ghemical: tar zxvf mpqc-2.3.1.tar.gz mkdir mpqctarget cd /home/youracct/mpqctarget /home/youracct/mpqc-2.3.1/configure --disable-parallel make make install [run as root user] make install_devel [run as root user] да и вообще делал все по гайдам для каждой программы. В итоге - опять все работает и запускается, но отсутствует интеграция в ghemical обоих программ. У знакомого, устанавливавшего просто с репозитория на opensuse в таком же порядке присутствует интеграция mopac, но отсутствует интеграция mpqc. Кто устанавливал эти пакеты или просто знает как решить эту проблему? Алсо, приму предложения других программ, способных провести расчет в полу-эмпирике и QM (HF, DFT, MP2 - минимальный набор, чем больше, тем лучше). PGP 0x31361F01 arcanisrepo

arcanis

# 9 лет, 11 месяцев назад

Темы: 31

Сообщения: 1496

Участник с: 09 сентября 2012

День добрый,

Пробовал установить ghemical со всеми дополнениями в таком порядке:

mopac7
mpqc
liboglappth
libghemical
ghemical

сначала через pacman и yaourt (для mpqc и mopac). Все устанавливается и работает, в принципе, но отсутствует интеграция mopac и mpqc в ghemical.
Потом снес все, попробовал поставить вручную (через make-make install), приложения (кроме mpqc) скачивал с оффсайта ( http://bioinformatics.org/ghemical/download/current/ ). В мануале по инсталляции libghemical нашел такую запись:

This is the recommended way how to compile/install MPQC if you wish
to use it with ghemical:
tar zxvf mpqc-2.3.1.tar.gz
mkdir mpqctarget
cd /home/youracct/mpqctarget
/home/youracct/mpqc-2.3.1/configure --disable-parallel
make
make install		[run as root user]
make install_devel	[run as root user]

да и вообще делал все по гайдам для каждой программы. В итоге - опять все работает и запускается, но отсутствует интеграция в ghemical обоих программ.

У знакомого, устанавливавшего просто с репозитория на opensuse в таком же порядке присутствует интеграция mopac, но отсутствует интеграция mpqc.

Кто устанавливал эти пакеты или просто знает как решить эту проблему? Алсо, приму предложения других программ, способных провести расчет в полу-эмпирике и QM (HF, DFT, MP2 - минимальный набор, чем больше, тем лучше).

PGP 0x31361F01
arcanisrepo