Вероятно, xorg-server был установлен как зависимость (какого-нибудь гномовского или кдешного пакета) ещё при начальной установке системы, и теперь пакман думает, что xorg не нужен. Лечится так:
# pacman -S –asexplicit xorg-server
Это переустановит пакет, пометив его как установленный принудительно.
А с Berkeley DB можно расстаться без сожалений.
Кстати, вычислить ненужные пакеты совсем просто: pacman -Qdt
И да, yaourt ни разу не следует основному принципу арча - никаких надстроек и конфигураторов, которые якобы упрощают жизнь, а потом из-за них иксы слетают ;D