Gnome их туда не положил. Вобщем, решено: нужно было в автозагрузку Gnome положить
setxkbmap -layout us,ru -model pc105 -variant ,winkeys -option grp:ctrl_shift_toggle,terminate:ctrl_alt_bksp
А было у меня это в /etc/rc.local. После таких изменений всё стало работать.