malya
mango
хотя бы скриншоты трея покажи.

вот скрин:
Я так понял - это ты про значёк xxkb ? И думается мне , что это он сам криво нарисован. Скорее всего png-шник без прозрачного фона.
Так что здесь тинт не виноват. Он показывает - то что ему предоставляют.
Пересуй значки в гимпе и сделай прозрачный фон для нужных тебе “флажков”.