Я практически уверен, что у вас нет реальных аргументов в пользу “было б проще намного”
/usr исторически появился потому, что корневой диск на машине был маленький, и подцепили второй диск в /usr, сделав там дубли папок. Сейчас такой проблемы нет - ну так и нафига тогда использовать этот анахронизм? Вернули б все назад в /bin, /lib - а /usr оставить для того, для чего сейчас /usr/local. Меньше папок и подпапок - меньше сложностей.