1) удаляем package-query и yaourt (они был собран руками?). Вычищаем их остатки (например, /usr/local/bin/package-query)
2) собираем PKGBUILD для package-query и yaourt через makepkg (в PKGBUILD'e прописаны нужные переменные для make. Стандартные значения считают, что db должна быть под /usr/local/)
3) ставим всё с помощью pacman -U
4) …
5) PROFIT!
тоже было подобное. В итоге, начитавшись советов в каком-то соседнем топике, получилось так позапускать иксы:
1) удалить xorg.conf и просто запустить иксы без него;
2) сгенерировать с помощью hwd -xa (правда, пришлось изменить название драйвера в ‘vesa’ на те, что стояли у меня);
и запускать при старте иксов xterm (exec xterm в ~/.xinitrc). Если же ничего не запускать с иксами, то тоже был черный экран, не отзывающийся на Ctrl+Alt+Backspace, однако переключающийся на терминалы с помощью Ctrl+Alt+F1…F6.

ну а затем просто поставил xfce, раскомментил в ~/.xinitrc и все нормально стартует и откликается на клавиши