Была у меня такая же проблема. Откат помог.
sudo pacman -U /var/cache/pacman/pkg/lxsession-0.4.6.1-3-i686.pkg.tar.xz
Помоему тут наговорили много лишнего.
Здесь такая же пробема тыц.
Мне тоже помогло.

Нужно просто удалить старый jdk:
sudo pacman -Rdd jdk7-openjdk

И установить jdk из AUR:
yaourt -S jdk

Затем я запустил(непонял зачем это и надо ли вообще):
sudo systemctl start derby

Затем перезагружаемся и у нас нормально работает netbeans.
Я думал уже, что это у меня что то с системой. А оказывается просто редко темы потдерживают изменения цветовой схемы. Установил тему Orion, у неё можно изменять цвета. Жалко не пишут в темах возможность изменения цветовой схемы.
Пробывал разные, не получается. Устанавливал openbox-themes. Скачивал с сайтов. Не помогает.
Почему в настройках внешнего вида в LXDE, я не могу использовать измененную цветовую схему? Тоесть я не могу поставить галочку и изменить цвета.