vdemin
Карточка intel? В dmesg или ~/.xsession-errors какая-нибудь ругань есть? Проверьте выхлоп приложений, открывая их из консоли.

Если есть желание - оформляйте баг на https://bugs.openjdk.java.net/secure/Dashboard.jspa или на http://icedtea.classpath.org/bugzilla/ .

Кстати, dolphin в арче уже на qt5.

У меня карта NVIDIA. И тестировал ещё на ATI. А вот насчёт сылочки для оформления бага - спасибо. Только жаль что даже логов нет
Сам скайп работает на QT. Здесь была тема про то как все QT приложения некорректно выглядят при работе NetBeans и/или phpStorm. Мне удалось выяснить что дело в параллельно запущенных приложениях, использующих java. Лечится это заменой open-jdk на oracle-jdk.
В Gentoo решил вопрос заменой icedtea-bin-7 на oracle-jdk-bin-1.8. После чего NetBeans полноценно работает, и кеды от этого не страдают. Надеюсь что и Вам поможет моё решение.
То же самое происходит в Gentoo с QT4. Решения этому вопросу пока не нашёл, хотя тоже создавал темы на различных форумах
https://drive.google.com/open?id=0B5E4RYBzbTHONmhqdERXeXJ3Y3M
А это то же самое окно после закрытия NetBeans
https://drive.google.com/open?id=0B5E4RYBzbTHOeFVNTi1nVmlwWkk