ghemical+mopac+mpqc
| arcanis |
|
Темы:
31
Сообщения:
1496
Участник с: 09 сентября 2012
|
День добрый, Пробовал установить ghemical со всеми дополнениями в таком порядке: mopac7 mpqc liboglappth libghemical ghemical сначала через pacman и yaourt (для mpqc и mopac). Все устанавливается и работает, в принципе, но отсутствует интеграция mopac и mpqc в ghemical. Потом снес все, попробовал поставить вручную (через make-make install), приложения (кроме mpqc) скачивал с оффсайта ( http://bioinformatics.org/ghemical/download/current/ ). В мануале по инсталляции libghemical нашел такую запись: This is the recommended way how to compile/install MPQC if you wish to use it with ghemical: tar zxvf mpqc-2.3.1.tar.gz mkdir mpqctarget cd /home/youracct/mpqctarget /home/youracct/mpqc-2.3.1/configure --disable-parallel make make install [run as root user] make install_devel [run as root user] У знакомого, устанавливавшего просто с репозитория на opensuse в таком же порядке присутствует интеграция mopac, но отсутствует интеграция mpqc. Кто устанавливал эти пакеты или просто знает как решить эту проблему? Алсо, приму предложения других программ, способных провести расчет в полу-эмпирике и QM (HF, DFT, MP2 - минимальный набор, чем больше, тем лучше). |
| arcanis |
|
|
Темы:
31
Сообщения:
1496
Участник с: 09 сентября 2012
|
проблема интеграции была устранена следующим образом: 1. Установка mpqc с AUR'a, в PKGBUILD правится # Maintainer: Archlid <a_becker {at} live {dot} de>
pkgname=mpqc
pkgver=2.3.1
pkgrel=1
pkgdesc="The Massively Parallel Quantum Chemistry Program computes properties of atoms and molecules using the time independent S$
arch=('i686' 'x86_64')
url="http://www.mpqc.org/"
license=('GPL' 'LGPL')
depends=('lapack' 'gcc-fortran' 'gcc-libs' 'tk' 'perl')
source=(http://sourceforge.net/projects/mpqc/files/mpqc/$pkgver/$pkgname-$pkgver.tar.bz2)
md5sums=('2f9b4f7487387730d78066a53764f848')
build() {
cd "$srcdir/$pkgname-$pkgver"
./configure --prefix=/usr --disable-parallel --enable-shared
make
}
package() {
cd "$srcdir/$pkgname-$pkgver"
make installroot="$pkgdir/" install
make installroot="$pkgdir/" install_devel
}2. Установка liboglappth. Можно через пакмана. 3. Установка mopac. Вручную, на AUR пакет устарел, ругалось дальше. ./autogen.sh export F77='g77 -fno-automatic' export F77='gfortran -std=legacy -fno-automatic' ./configure make make install 4. Установка libghemical вручную: ./autogen.sh ./configure --enable-mpqc --enable-mopac7 make make install export SC_CONFIG=/usr/local/mpqc/2.3.1/bin/sc-config export PKG_CONFIG=pkg-config export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig 5. Установка ghemical. Тут я уже решил не напрягаться и поставил через пакмана. Итог - интеграция в ghemical есть. Однако, при попытке расчета с помощью любого пакета mopac вылазит ошибка: PrintToLog : Изменены настройки для расчётов(настройки = allqm, движок =eng1_qm_mopac : MOPAC7 / MNDO). 2 = 2 - 0 записывается входной файл MOPACFOR005 ghemical: symbol lookup error: /usr/lib/libmopac7.so.0: undefined symbol: s_copy При использовании пакета mpqc еще веселее: PrintToLog : Изменены настройки для расчётов(настройки = allqm, движок =eng1_qm_mpqc : MPQC / 3-21G). DEBUG : now returning from gtk_project::GeomOptGetParam(). 2 = 2 - 0 записывается входной файл MPQC/tmp/mpqc0000.in используя ProcMessageGrp как MessageGroup... используя PthreadThreadGrp как ThreadGroup... Reading file /usr/share/mpqc/2.3.1/atominfo.kv. terminate called after throwing an instance of 'sc::InputError' what(): Аварийный останов Было предположение, что программе не хватает доступа, попробовал запустить через kdesu, интеграция отсутствует в принципе. Может кто нибудь подскажет, что я сейчас делаю не так?) ADD1 При установке ghemical вручную без каких либо доп.параметров интеграция сохранилась и появилась возможность расчета с mopac'ом (ошибок в смысле не выдает). mpqc также не работает. ADD2 Попробовал запустить файл /tmp/mpqc0000.in таким образом: mpqc /tmp/mpqc0000.in |
| arcanis |
|
|
Темы:
31
Сообщения:
1496
Участник с: 09 сентября 2012
|
А, да, если прописывать при установке mpqc к ./configure только –disable-parallel, как это написано в гайде по инсталляции (см. первый пост), то при выполнении make в libghemical выскакивала ошибка с recompile with fPIC на одну из библиотек в scientific computing (sc), которая устанавливалась с mpqc. ADD1 что то ночью что то ни то написал. Ошибка с fPIC была, но уже не помню, где она вылазила. Шляпа вылазит при выполнении: ./configure --enable-mopac7 --enable-mpqc checking for sc-config... /usr/local/mpqc/2.3.1/bin/sc-config checking SC - version... no *** Could not run SC test program, checking why... *** The test program compiled, but did not run. This usually means *** that the run-time linker is not finding SC or finding the wrong *** version of SC. If it is not finding SC, you'll need to set your *** LD_LIBRARY_PATH environment variable, or edit /etc/ld.so.conf to point *** to the installed location Also, make sure you have run ldconfig if that *** is required on your system *** *** If you have an old version installed, it is best to remove it, although *** you may also be able to get things to work by modifying LD_LIBRARY_PATH *** *** If you have a RedHat 5.0 system, you should remove the SC package that *** came with the system with the command *** *** rpm --erase --nodeps sc sc-devel ADD2 Пробовал компилить без опции –disable-parallel. Все аналогично описанному выше. Также, пробовал редактировать PKGBUILD для mpqc следующим образом: # Maintainer: Archlid <a_becker {at} live {dot} de>
pkgname=mpqc
pkgver=2.3.1
pkgrel=1
pkgdesc="The Massively Parallel Quantum Chemistry Program computes properties of atoms and molecules using the time independent S$
arch=('i686' 'x86_64')
url="http://www.mpqc.org/"
license=('GPL' 'LGPL')
depends=('lapack' 'gcc-fortran' 'gcc-libs' 'tk' 'perl')
source=(http://sourceforge.net/projects/mpqc/files/mpqc/$pkgver/$pkgname-$pkgver.tar.bz2)
md5sums=('2f9b4f7487387730d78066a53764f848')
build() {
mkdir /home/arcanis/mpqctarget
cd /home/arcanis/mpqctarget
"$srcdir/$pkgname-$pkgver"/configure --prefix=/usr --disable-parallel --enable-shared
make
}
package() {
cd /home/arcanis/mpqctarget
make installroot="$pkgdir/" install
make installroot="$pkgdir/" install_devel
}ADD3 Кстати, при ручной установке, при запуске ghemical через kdesu интеграция присутствует, но расчет с mpqc не ведется. Запуск от рута/судо (да и зачем, казалось бы?) дает ругань с определением монитора, править не стал. |