Обновление mariadb версии 10.4.6-1 и позднее меняет месторасположение конфигурационных файлов.

Основной файл настроек из /etc/mysql/my.cnf (а также директория /etc/mysql/my.cnf.d/) переезжает в /etc/my.cnf (и /etc/my.cnf.d/, соответственно). Не забудьте переместить свои файлы!

Отдельные сервисы (напр., mariadb@foo.service) более не настраиваются отдельными файлами (etc/mysql/myfoo.cnf и т.п.). Необходимо переместить настройки из таких файлов в блоки основного файла, на каждый сервис свой блок. Пример:
[mysqld.foo]
datadir = /var/lib/mysql-foo
socket = /run/mysqld/mysqld-foo.sock
...

И, как и при любом обновлении mariadb, требуется обновить data directory (кто использует, тот наверное знает о чём речь – прим. переводчика ;)). После обновления конфигурации выполните:
systemctl restart mariadb.service && mariadb-upgrade -u root -p
такие дела.