Свежевышедший Puppet 4 несовместим с 3-й версией. Пользователям придётся сперва обновить сервер до 4-й версии, а затем обновить клиентов. Обратите внимание, что при наличии только сервера Puppet 4, клиенты Puppet 3 работать не будут! Также, изменилось расположение некоторых файлов конфигурации, манифестов и модулей.
Ознакомьтесь с инструкциями по обновлению:
https://docs.puppetlabs.com/puppet/4.0/reference/upgrade_server.html
https://docs.puppetlabs.com/puppet/4.0/reference/upgrade_agent.html
такие дела.